رهبر معظم انقلاب نیز در این مورد طی فتوایی قره باغ را جزئی از خاک اسلام دانسته اند.
بیانات مقام معظم رهبرى در مراسم گشایش هشتمین اجلاس سران کشورهاى اسلامى(۱۳۷۶/۰۹/۱۸)
در بوسنی، در کشمیر، در سومالی، در قره باغ و در برخی نقاط دیگر، مسلمانان دچار مشکلاتند. سازمان کنفرانس اسلامی می تواند با استفاده از کمیته های مخصوص، به این کارها همّت گمارد و با کار مؤثّری که همه اعضا در آن سهیمند، معضل را حل کند.
دیدار حیدر علی اف رئیس جمهور نخجوان (۱۳۷۱/۰۶/۰۴)
حضرت آیت الله خامنه ای رهبر انقلاب اسلامی در دیدار با آقای حیدر علی اف رئیس شورایعالی جمهوری خود مختار نخجوان را به حضور پذیرفتند و طی آن روابط صمیمانه جمهوری اسلامی ایران با جمهوری آذربایجان را در جهت منافع و مصالح منطقه دانستند.
مقام معظم رهبری در این دیدار سوابق تاریخی، وضعیت جغرافیایی و مشترکات دینی و فرهنگی دو کشور را زمینه های مناسبی برای نزدیکی و صمیمیت هر چه بیشتر دو ملت مسلمان ایران و جمهوری آذربایجان توصیف کردند و افزودند: امروز جمعیت مسلمانان در سراسر جهان از مرکز یک میلیارد نفر تجاوز کرده است و جمهوری آذربایجان با رسمیت دادن به دین مبین اسلام در آن کشور در حقیقت خود را به یک دنیای با عظمت پیوند زده است و ما از الحاق جمهوری آذربایجان به پیکر امت اسلامی بسیار خرسندیم.
حضرت آیت الله خامنه ای همچنین به بیان تلاشهای تبلیغاتی و فشارهای مختلف دشمنان اسلام برای ممانعت از ایجاد صمیمیت در روابط جمهوری آذربایجان با ایرانِ اسلامی پرداختند و خطاب به رئیس شورای عالی جمهوری خودمختار نخجوان ضرورت ایستادگی در برابر فشارهای بیگانگان را خاطر نشان ساختند.
بر پایه ی همین گزارش آقای حیدر علی اف نیز دراظهارات خود از امکان ملاقات با رهبر انقلاب اسلامی ابراز خشنودی کرد و گزارشی از موقعیت جغرافیایی، سیاسی و اقتصادی منطقه نخجوان و جمهوری آذربایجان را به استحضار معظم له رساند.
پیام به مناسبت ایام برگزاری مراسم حج (۱۳۷۱/۰۳/۱۷)
رهبر انقلاب اسلامی از سرکوب خونین و قساوت آمیز مسلمانان درسارایوو در قلب اروپای به اصطلاح متمدن و جنگهای خانگی در قره باغ و منطقه عمومی قفقاز به عنوان شواهدی تلخ و غم انگیز از کینه ی عمیق و تمام نشدنی سردمداران رژیم آمریکا به اسلام و نظام اسلامی یاد کردند.
بیانات در جمع مردم تبریز در استادیوم ورزشی تبریز(۰۵/۰۵/۱۳۷۲)
امروز ببینید شما با مسلمانها چه میکنند. بر اثر ضعف مسلمانها است. چون مسلمانها، از امکانات خود استفاده نکردند. امروز در بوسنی و هرزگوین به مسلمانها ستم میکنند، در تاجیکستان به مسلمانها ستم میکنند، در منطقه قرهباغ، دولت ارمنستان و ارامنهی آن منطقه به مسلمانان ستم میکنند. ما این حرکاتی را که اخیراً ارامنه در منطقهی قرهباغ، به پشتیبانی دولت ارمنستان انجام میدهند، این حرکات را ما محکوم میکنیم. البته این ربطی به ارامنهی داخل کشور ما ندارد. ارامنهی داخل کشورما هم، ما توقعمان این است که رفتار ارامنه را در آن منطقه که با تجاوز همراه است، محکوم بکنند. اینها شهروندان ما هستند، ما از آن کسانی که آن ظلمها را میکنند، صحبت میکنیم. در همه جای دنیا هر جایی که دشمنان اسلام دستشان رسیده است به پشتیبانی استکبار جهانی، به مسلمانها ظلم کردند و مظهر این ظلم امروز، غیر از این مواردی که گفته شد، فلسطین خونین و لبنان مظلوم است. در این دو سه روزه رژیم صهیونیستی، مردم لبنان را «روستاها را»، «خانهها را» مسجدها را بمباران کرده است. چرا مردمی را که سخن حق بر زبان جاری میکنند، این جور مورد ستم قرار میدهند و دنیای استکباری از آنها پشتیبانی میکند!
دیدار آقاى حیدر علىاف رئیس جمهورى آذربایجان و هیأت همراه وى (۱۳۷۶/۰۹/۱۹)
در این دیدار مقام معظم رهبرى مشترکات تاریخى، فرهنگى و مذهبى و نیز موقعیت جغرافیایى دو کشور را عامل تعیین کننده اى در برقرارى ارتباطات نزدیک میان ایران و جمهورى آذربایجان دانستند و فرمودند: تجربه ملت ایران، ضرورت ایستادگى در برابر زورگویى و فشار قدرتهاى سلطه گر را به ملتهاى مسلمان و کشورهاى دوست گوشزد مى کند.
مقاومت، آسان نیست و دردسرهایى دارد؛ اما اگر مقاومت نشود، در دراز مدت دردسرهاى بزرگترى پدید خواهد آمد.
حضرت آیت الله خامنه اى صهیونیستها را عناصرى خطرناک و غیرقابل اعتماد خواندند و فرمودند: هر دولت اسلامى که به صهیونیستها اعتماد کند، قطعا ضربه خواهد خورد زیرا مرام آنها فتنه انگیزى میان دوستان مسلمان است.
رهبر معظم انقلاب اسلامى تکیه برایمان اسلامى مردم جمهورى آذربایجان را لازمه موفقیتهاى بزرگ هر دولتى در این کشور توصیف کردند و فرمودند: آرزو و خواست جمهورى اسلامى ایران این است که مردم مسلمان آذربایجان بتوانند سازندگى را به بهترین وجه ممکن در کشور خود به انجام برسانند و براى این کار باید روى مردم این جمهورى که شیعیان خالصى هستند، برنامه ریزى و تکیه شود.
مقام معظم رهبرى همچنین از تبلیغات دروغین و خلاف واقع در برخى از رسانه هاى ارتباط جمعى جمهورى آذربایجان انتقاد کردند و از رئیس جمهور این کشور خواستند که از نفوذ خود براى جلوگیرى از تبلیغات خصمانه علیه ایران استفاده کنند.
بر پایه همین گزارش در این دیدار حیدر على اف، جمهورى آذربایجان را جزء جدایى ناپذیر از دنیاى اسلام خوانده و گفتند: کشور من مستقل است و دین و ایمان خود را هیچگاه از دست نخواهد داد.
علی اف بر اراده دولت متبوع خود براى توسعه روابط همه جانبه با ایران اسلامى تأکید کرده و گفت: ما نیز همچون برادران ایرانى خود صهیونیستها را براى عموم مسلمانان خطرناک مى دانیم و معتقدیم که صهیونیزم دشمن عمومى ما مسلمانان است.
رئیس جمهور آذربایجان در سخنان خود همچنین از حضور در اجلاس سران کشورهاى اسلامى در تهران اظهار خوشوقتى کرد و سخنان رهبر معظم انقلاب اسلامى را در مراسم افتتاحیه کنفرانس اسلامى پرمغز و اندیشمندانه و مایه مباهات خواندند.
بیانات مقام معظم رهبرى در دیدار مسؤولان و دست اندرکاران «حج» (۱۳۷۳/۰۱/۳۱)
بنده امروز راجع به فجایع یوگسلاوی سابق عرض کردم؛ اما فقط آن نیست. در همین نزدیکی خودمان، آنچه که با مسلمینِ منطقه ای از «جمهوری آذربایجان» در «قره باغ» می شود، مثل همان فجایع است. آنچه که با مسلمانان «تاجیکستان» می شود نیز مانند همان است. آنچه هم که با مسلمانان «کشمیر» می شود، دست کمی از آن فجایع ندارد. البته هیچکدام به عظمتِ فجایع بوسنی نیست. آن جا دشمن، دشمن محلّی نیست. در مناطقی که اسم بردم، دشمن، دشمن محلّی است. در بوسنی – در قلب اروپا – سیاستهای استکباری اِعمال می شود؛ زیرا آن جا برایشان مهمتر است. اصلْ این است که باید آنچه را تکلیف است، بدون خوف و واهمه از احدی انجام داد. ملت ایران رشته های ترس از قدرتها را برید تا توانست مستقیم و راست بایستد و راست قامتی او برای ملتهای دیگر درس شود. می بینید که جوانان امروز در دنیا، به نام اسلام شعار می دهند.
شایان ذکر است که قره باغ جزئی از خاک جمهوری آذربایجان بوده و در فوریه ۱۹۹۲م به اشغال ارمنستان درآمده است.
نظامیان ارمنستان با پشتیبانی روسیه در جریان تجاوز به جمهوری آذربایجان، حدود ۲۰ درصد از خاک این کشور به ویژه مناطق استراتژیکی که ارمنستان را به قره باغ متصل میکند، اشغال کنند و مرتکب جنایت های هولناک بر علیه مسلمانان ترک قره باغ شدند.با وجود برقراری آتش بس میان دو کشور از سال ۱۹۹۳م این بخش از خاک جمهوری آذربایجان همچنان در اشغال ارتش ارمنستان است و مشکل دیرینه قره باغ، هنوز حل نشده است.
جمهوری اسلامی ایران همواره از تمامیت ارضی جمهوری آذربایجان حمایت کرده و خواستار بازگشت آوارگان قره باغ به موطن اصلی خودشان می باشد.
رهبر معظم انقلاب نیز در این مورد طی فتوایی قره باغ را جزئی از خاک اسلام دانسته اند.