می توان ادعا کرد در روابط ایران و جمهوری آذربایجان «جمهوری آذربایجان منافع خود را بر اساس حفظ ظاهر و روابط حداقلی با جمهوری اسلامی ایران تعریف کرده است.»
آران نیوز/ علی رغم اینکه جمهوری اسلامی ایران به عنوان سومین کشور بعد از ترکیه و فرانسه استقلال جمهوری آذربایجان را به رسمیت شناخت و به عنوان اولین کشور سفارت خود را در این جمهوری نوپا دایر و روابط رسمی خود را با توجه به اشتراکات پیوندهای غنی عمیق قومی، دینی، تاریخی و فرهنگی برقرار نمود و به عنوان یک کشور دوست و برادر از ارائه هیچ گونه کمکی به جمهوری آذربایجان دریغ نکرد.در مقابل، اولین رئیس جمهور آذربایجان یعنی ابوالفضل ایلچی بیگ سیاست خصمانه ای علیه جمهوری اسلامی ایران اتخاذ و از گروههای ناسیونالیست افراطی که برای تجزیه ایران تلاش می کردند، حمایت نمود. در نتیجه می توان گفت بستر اولیه روابط ایران و جمهوری آذربایجان همیشه تنش زا بوده است. به عبارت دیگر این مسایل سبب گردید نطفه روابط فیمابین دو کشور همسایه با بی اعتمادی و بدبینی منعقد شود که همین موضوع روابط تهران – باکو را به روابطی پر فراز و نشیب تبدیل نمود. بنابراین می توان ادعا کرد بعد از استقلال این کشور تا کنون«جمهوری آذربایجان منافع خود را بر اساس حفظ ظاهر و روابط حداقلی با ایران تعریف کرده است.» این امر باعث گردیده است که روابط دو کشور در مسیر عادی خود پیش نرفته و با نوعی سردی و بدبینی همراه باشد .
مناسبات ایران و آذربایجان طی سالهای بعد از استقلال تاکنون همیشه پر تنش بوده است و این تنش ها عمدتا به علت آن چه جمهوری آذربایجان آن را به عنوان منافع خود تعریف کرده بود، ناشی شده است. بیش از دو دهه رویکرد سیاست خارجی دولتمردان جمهوری آذربایجان در قبال ایران از ماهیت تخریبی و خصومت آمیز برخوردار بوده است. البته از سوی جمهوری اسلامی ایران نیز رویکرد چندان مناسب و برنامه ریزی شده ای که حاوی راه حل برون رفت از وضعیت تنش زا باشد، مشاهده نشده است. موضوعی که بر پیچیدگی روابط افزوده و موجب سردی بیشتر مناسبات و از دست رفتن فرصت ها شده ، سوء استفاده طرف های ثالث ، از جمله آمریکا و رژیم صهیونیستی می باشد. علاوه بر این سوای هویت مشترک (هویت شیعی ) بین ملت های دو کشور، دولت جمهوری آذربایجان در مقابل هویت شیعی _ ایدئولوژیک محور ایران، برای خود هویت لائیک و ناسیونالیسم ترکی محور جستجو می کند. این موضوع نیز به نوبه خود باعث ایجاد نوعی ذهنیت منفی خصومت آمیز ژئوپلتیکی بر روابط تهران – باکو در مقابل یکدیگر شده است.
از زمان استقلال جمهوری آذربایجان تا سال ۲۰۰۱ میلادی دو طرف تلاش کرده اند که از اتخاذ تصمیمات پر خطر در مقابل هم خودداری نمایند و از خطوط قرمز یکدیگر عبور نکنند و در عین اصرار بر سیاست های خود از انجام اقدامات خشونت آمیز در مقابل هم خودداری کردند. در دوره های آقایان هاشمی رفسنجانی و خاتمی دو کشور تلاش داشته اند که ناخرسندی ها و تنش های موجود فیمابین را به نوعی پنهان کنند. ولی از سال ۱۳۸۴ همزمان با روی کار آمدن آقای احمدی نژاد در ایران و برگزاری مراسم کنگره آذربایجانی های جهان و به دنبال آن مسائلی همچون اظهارات برخی مقامات ایرانی و تذکر تهران به باکو در خصوص در اختیار گذاشتن بستر جغرافیایی خود در اختیار دشمنان ایران و همکاری و همراهی با موساد در ترور دانشمندان هسته ای، گسترش روابط با رژیم صهیونستی و خریدهای تسلیحاتی باکو از تل آویو، برگزاری مراسم مسابقات آواز اروپا موسوم به یوروویژن و واکنش های مردمی به آن و تظاهرات مقابل کنسولگری جمهوری آذربایجان در تبریز ، تظاهرات متعدد در مقابل سفارت ایران در باکو و احضارهای متعدد سفرای دو کشور، فضای روابط دو کشور را ملتهب نمود.
بنابراین بین مناسبات جمهوری اسلامی ایران و جمهوری آذربایجان حالتی نمادین داشته و دیپلماسی دو جانبه تهران_ باکو که اتفاقا هر ازگاهی با سفرهای متعدد و پی در پی مقامات ایرانی به باکو و امضاء اسناد همکاری ، ظاهری فعال داشته است. به دلایل ماهوی در سیاست خارجی جمهوری آذربایجان با جمهوری اسلامی ایران، هیچ گاه به تعمیق روابط و تامین منافع ملی جمهوری اسلامی ایران نیانجامیده است.
علیرغم وجوه مشترک فرهنگی، تاریخی، مذهبی و... روابط جمهوری اسلامی ایران و جمهوری آذربایجان در دوره های ریاست جمهوری آقایان هاشمی رفسنجانی،خاتمی و احمدی نژاد در حد مطلوب نبوده است. اگرچه روابط دو کشور طی بیش از دو دهه اخیر به مرحله تقابل رسمی و علنی نرسیده است ولی زیر پوست خود همیشه اختلافات اساسی را به نمایش گذارده است. به عبارت دیگر اختلافات غیر رسمی و بالقوه ،کما بیش راه را بر توسعه جدی و همه جانبه روابط دو کشور بسته اند.
در مجموع می توان گفت اصرار حکام آذری بر اسلام ستیزی و ادعاهای پان ترکیستی و فعالیتهای قوم گرایانه و مهمتر از آن روابط گسترده با رژیم اشغالگر قدس، اصلی ترین دلایل این فراز و نشیب و بی اعتمادی بوده است.